由于鉴定前启动过程存在立法和社会影响等问题，使得结论的科学性难以保证。

与其它类型的鉴定不同，精神鉴定一旦启动，还存在许多不确定因素。第一，尽管有一定的国际和国内标准可供判定，但此类鉴定本身却是法学和医学交叉的学科，它的复杂程度远超过单纯的医学鉴定，而且它还带有许多主观色彩，不同的专家，第二，由于时间和情况不同，可以得出不同的结论；第二，这是一种可追溯性评估，因此，鉴定结论的准确性也会降低；此外，也有可能有权力寻租精神病学家，或被迫作出与职业道德相违背的压力。这是精神疾病鉴定启动后所面临的具体问题，也将使鉴定结论的科学性无法得到保证。

1.鉴定人，鉴定机构的有关立法规定宽泛，缺乏规范性。

根据我国刑法第一百二十条的规定，刑事诉讼中的精神障碍鉴定，由省人民政府指定的医院进行。在《精神疾病司法鉴定管理办法》第五条第三款中规定：省、自治区、直辖市设立精神疾病司法鉴定委员会，负责本行政区域内的精神疾病司法鉴定。有关法律、法规存在冲突，到底是由省级政府指定还是司法鉴定委员会来决定鉴定机构，没有明确指定或决定哪个级别的医院作为鉴定机构。

关于鉴定资格问题，《精神疾病司法鉴定暂行规定》作了规定，即具有五年以上精神科工作经验，对司法精神病学有一定认识的主治医生以上可作为鉴定人。这一规定可以说十分广泛，“五年临床经验”、“司法精神医学知识”、“主治医生”模糊不清，门槛过低，这种情况容易引起鱼目混珠的事件发生，专业权威不够加上鉴定授予的随意性较大，结果的科学性也对此有很大影响。

一般而言，鉴定人、鉴定机构由侦查机关、审查机关或审批机关自行决定。例如公安部颁布的《公安机关办理刑事案件程序规定》第233条规定：“为查明案情，解决案件中存在的特殊问题，应委派具有鉴定资质的人员进行鉴定。"最高人民检察院颁布的《人民检察院刑事诉讼程序规则》第200条规定："鉴定，由总检察长批准，人民检察院技术部具有鉴定资格的人员进行鉴定。辩方当事人不参与鉴定人，也可聘用其他具有鉴定资格的人进行，但应取得鉴定人所在单位的同意。”辩方当事人不参与鉴定，最终确立鉴定机构。由于诉讼程序上的不公，被告方对其是否具有真实性提出质疑。例如“邱兴华案”中的妻子一直在请求对其进行精神障碍鉴定，所表达的观点是“让自己的死亡清楚。”

2.社会环境对司法鉴定启动程序的不利影响。

司法机关既受地方行政权的影响，法官又不可能完全中立，尤其是对此类重大事件的处理，任何细微的举动都容易招致民愤。近年来，在与精神有关的一起与精神有关的重大杀人案中，邱兴华用残忍的手段连续杀害十多人，这完全违反了公众的道德底线。这种情况下，被告精神病学鉴定程序一旦启动，就会面临巨大的舆论压力，甚至导致部分政治上的不稳定。所以，在这类大案的审理中，司法部门大多会选择沉默，对精神病鉴定程序的启动谨慎谨慎。